九层妖塔是真实存在的，它是位于青海藏族自治州热水乡的一座特大古墓，被称为“血渭一号大墓”，是我国1996年十大考古发现之一，是全国重点文物保护单位，墓葬属唐代早期吐谷浑王室墓葬，也是我国首次发现的吐谷浑墓葬。
破案后，国家相关部门也迅速组织考古专家进行考古挖掘，最先开始的是被盗墓分子破坏的顶端第一二层，从两层中就清理出了数量众多的唐朝文物和牛、羊等牲畜尸骨多达七百多具，另外，在这么多的文物之中，有皮靴、藏文木简、蒙文木片、五彩木画及金银首饰、木做碟子、木雕鸟兽、粮食和非常多的保存较完整的珍贵丝织品。专家还在大墓四周挖掘出了五条殉葬马匹的壕沟和十三个圆形的牛、狗等牲畜殉葬洞，一共清理出了八十七匹马的全部骸骨和许多其他牲畜骨骼。
这座墓葬规制宏大，从柏木的使用就可见一斑:柏木因为生长缓慢，十分珍贵，一棵碗口粗的柏树要长将近200年，由此可见墓主人的身份是十分高贵的。根据专家推算，修建这样一座墓葬，需要一万人辛苦工作一年。 九层妖楼附近还有大大小小很多墓葬，但大多数已经都被盗掘了。
再说当时国家的历史背景下对于考古挖掘技术掌握并不成熟，加上之前定陵挖掘过程中因为文物保存技术与考古挖掘不成熟造成的大量珍贵文物的损毁，使当时考古学家们害怕九层妖塔的继续挖掘会重蹈定陵的覆辙。所以九层妖塔考古挖掘工程才进行到了第二层便停止了。同时，这也是官方对于九层妖塔考古挖掘终止原因的唯一正面回应。