一、耿精忠与郑经起内乱，康亲王趁势征讨
耿精忠叛乱后，曾经向固守台湾的郑经求援。郑经乘机提出要“借用”漳州和泉州两地，作为供给后援。这一条件，耿精忠是万万不能答应的。如果漳州、泉州被郑经所用，好像把自己的后背亮给了人家，一旦郑经被康熙收买，就等于背后有一把刀子随时都能扎过来，想想后脖子就发凉。
然而郑经通过求援一事，已经看清了局势，趁耿精忠自顾不暇，突然发兵登岸夺取了漳州和泉州，耿精忠瞬时变得腹背受敌。
康熙十五年（1676年），康熙抓住闽地内乱的时机，果断派出康亲王杰书调兵衢州，入福建征讨。
衢州
康熙十五年（1676年）八月，康亲王率部抵达衢州，此时耿精忠部马九玉领兵据守衢州河西九龙山，粮饷则由林福领兵在大溪滩扎营驻守。八月十五日，平南将军赖塔突袭大溪滩，大败林福，切断了马九玉的粮饷，随后向九龙山进攻。
在大清军大炮的攻击下，赖塔兵部渡江登滩，击败九龙山守军，马九玉和仅剩数十名的部下逃往常山。杰书乘胜追击，消灭了九龙山残部。
八月二十三日，康亲王部攻破浦城。随后，康亲王派江浙总督李之芳劝降叛将白显忠。至此，马九玉歼灭、白显忠投降，耿精忠两路主力尽失，而郑经趁势紧逼其后，靖南王进退两难。
建宁
九月，清军收复建宁府，大军直抵延平，耿精忠惊慌失措，忙派部下赶赴延平，献出了“总统将军印”，让其子耿显祚前往迎接康亲王。
十月，清军达到福州，耿精忠率部下出城相迎，献上所属官兵名册，并请求跟随康亲王大军剿除海寇，以此赎罪。至此，耿精忠部叛乱平复。
耿精忠归降后，仍不死心，意图东山再起。却被自己的两个弟弟耿昭忠、耿聚忠告发其逆谋的蓄意。康熙二十一年（1682年）正月，康熙皇帝批准议政王大臣奏请，将耿精忠及其党羽白显忠等处死。
福州
二、尚之信被吴三桂勒索饷银20万，走投无路率兵归降
耿精忠归顺后，康亲王率大军一举击败郑经，收复漳州、泉州等地，福建、浙江得以平定。尚之信闻讯后，终日坐卧不安。
当初吴三桂曾派遣信使游说平南王尚可喜一同举兵。虽然尚可喜在广东一手遮天、嗜财暴敛，但并无反叛野心。他逮捕了信使，还将书信上呈给了朝廷，气得吴三桂大骂。当得知孙延龄与吴三桂连通一气后，尚可喜又立刻上疏请奏，率军参加平叛。
而尚可喜之子尚之信却野心勃勃。康熙十二年（1673年）三月，尚之信请求朝廷承袭平南王爵位，被康熙皇帝拒绝后，便怨恨在心。尚可喜的心腹揣摩到了尚之信的不满，为避免生变，建议平南王确立嗣位，尚可喜听从建议上奏朝廷请求立次子嗣位。康熙十四年（1675年）正月，康熙封尚可喜为平南亲王，令次子尚之孝承袭平南王、封平南大将军，封尚之信为讨寇将军。
爵位被夺、军权受限，尚之信气得暴跳如雷。吴三桂趁机挑拨尚之信，并封他为招讨将军辅德公加以诱惑。于是这个没脑子的尚之信挟持父亲举兵反叛，平南亲王尚可喜一气之下，忧愤而死。
韶州
耿精忠被降后，尚之信有些后悔，此时吴三桂又再三催促出兵抗清。他非常清楚，以他的实力如果兵出庾岭，必败无疑，而且可能回老家的后路都被断了。
尚之信先是找理由搪塞吴三桂缓日出兵，又送去十万两白银充作军饷。可是躲过初一躲不过十五，吴三桂也明知他不肯出兵，便委派伪总督以监察之名屯兵肇庆，并封锁了进出广东的旱路、水路，尚之信无奈又掏出了十万两白银。
康熙十五年（1676年）十二月，绝望至极的尚之信派遣信使赴江西，向扬威大将军乞降，随后得到康熙皇帝下旨赦免。
康熙十六年（1677年）三月，康熙令镇南将军率师进入广东。四月收复南安城，攻克南雄，直抵韶州。五月，尚之信派弟弟尚之瑛前往韶州迎接大军。至此，广东基本平定。
尚之信虽然野心勃勃，但实属没脑子之人。虽归顺朝廷，却不是真心。归降之后，屡屡不听调度，托故不参加平叛作战。昔日里尚之信飞扬跋扈、乱杀无辜，广州城早已怨声载道，以致众叛亲离。不仅多名部下私下告密，就连他的母亲舒氏也秘密告发尚之信。
康熙十九年（1682年）闰八月，尚之信在广州被赐死。
广州
三、孙延龄不做驸马做叛军，无事生端身死名裂
孙延龄虽不是藩王，但却有藩王之权。因娶孝庄皇太后养女孔四贞为妻，封为广西将军，率重兵驻镇桂林。
大清入关后，共封了四位汉王，平西王吴三桂、靖南王耿仲明、平南王尚可喜，还有定南王孔有德。
顺治九年（1652年），南明大将李定国突袭桂林，破城之时孔有德自尽。除女儿孔四贞逃脱外，家中一百余口被杀。孔四贞逃到北京后，孝庄皇太后收为养女，并封和硕格格。这是大清历史上唯一的汉族格格，也是《还珠格格》中故事主角的原型。
孙延龄的父亲孙龙，是孔有德的得力将领，当年随定南王一同前往广西征讨南明残部。平定桂林后，孔有德将女儿孔四贞许配给了孙延龄。后来李定国攻克桂林，孙龙战死。
孙延龄以妻为贵，依仗孔四贞在宫中的地位，一步一步走向实权。在内心里，孙延龄其实很自卑，不仅出身素微，又无才干，加之孔四贞河东狮吼，积怨越来越深。
康熙十二年（1673年），孙延龄在广西纵兵为患，遭到弹劾，请朝廷治罪。康熙皇帝权衡大局，下令宽大处理，免于治罪。孙延龄的不满情绪又增加了一份。
桂林
吴三桂反叛后，势力无孔不入，抓住了孙延龄的内心，百般游说。康熙十三年（1674年）二月，孙延龄在桂林举兵反叛。五月，他自称安远大将军，四处煽动叛乱，攻掠广西各地。
康熙十四年（1675年）六月，孙延龄派兵攻打梧州，遭到重创，此次战败军中发生内讧，孙延龄和孔四贞开始对前途产生忧虑，暗自联络傅弘烈将军，表示有归顺之意。
康熙十六年（1677年）一月，傅弘烈通过吏部侍郎上疏朝廷，转达了孙延龄、孔四贞的心愿。三月，康熙帝下旨招抚，孙延龄派傅弘烈与清军在江西汇合。吴三桂得知后，派兵包围了桂林，又遣世孙吴世琮领兵前往桂林，杀死了孙延龄和他的儿子，抓捕了孔四贞。
吴三桂派人将孔四贞接到云南，软禁在了昆明。三藩平定后，孔四贞辗转回到了北京。据说晚年凄惨，死后被葬在了北京公主坟，此地因此得名。
桂林
四、吴三桂暴卒，平定大军直抵云南
耿精忠、尚之信归降后，吴三桂势单力薄，穷途末路。
康熙十七年（1678年）三月初一，吴三桂在衡州（今湖南衡阳）称帝，国号后，建元昭武。八月十七日，吴三桂病死军中，仅仅当了五个月的皇帝。十月，吴三桂之孙吴世璠在云南继位，改元洪化。
岳州
此时，叛军内部已经人心涣散。康熙帝令各路大军继续进剿，重点要攻下岳州。此地是湖南的咽喉要地，岳州收复，大军才能自长沙、荆州南下。安远大将军察尼率师从水陆两路包围岳州，围困数日后，城中粮食短缺，援军不敢进、城中不敢出。
康熙十八年（1679年）正月，吴三桂之子吴应麒弃城逃跑，城中守将出城投降，岳州收复。随后，大将军勒尔锦率师从荆州渡江，收复夷陵、灃州、常德、长沙。大将军岳乐由长沙进衡州，再取武冈。八月，清军攻克镇远府，直趋贵阳。吴世璠、吴应麒逃奔云南，贵阳收复。十月，奋威将军王进宝收复凤县、武关，直抵汉中。
成都
康熙十九年（1680年）正月十一日，陕西提督赵良栋率军入川，兵临成都，叛军巡抚张文德献城投降。三月，吴世璠派兵进犯四川，攻陷泸州、永宁、叙州。康熙帝震怒，命赵良栋大举进攻。
康熙二十年（1681年）春，清军包围昆明，吴世璠急调驻扎四川的叛军回云南解救。赵良栋领兵分路追杀，致使无一兵一卒回到昆明。九月，赵良栋率所有四川兵马前往昆明，此时大将彰泰和赖塔已经围城数月。十月初，昆明城中粮食已尽，清军开始猛攻。十月二十八日，守城叛将、吴三桂的女婿胡国柱等密谋绑架吴世璠献城，吴世璠得知后自杀。二十九日，昆明守军出城投降。
昆明收复后，云南平定。至此，历史八年之久、战火蔓延大半个清朝国土的三藩之乱彻底平息。