作为东南亚面积最大的国家，印尼最应该感谢的，就是荷兰人对他们的入侵。在荷兰殖民者到来之前，印尼只是17508个互不隶属的岛屿，岛屿之间没有任何联系，也没有任何共同的历史和文化。是荷兰殖民者将这些岛屿纳入了管辖范围，印尼各岛才第一次融为一体。可以说，荷兰人的殖民，才是印尼各个岛屿联系的纽带，假如没有殖民，如今的印尼地区一定会形成几个，甚至几十个独立的主权国家。
基于这种薄弱的联系，印尼很多地区都出现了独立运动，其中有两个地区最为著名，一个是东帝汶，一个是亚齐。东帝汶和亚齐曾长期存在分离活动，一度令印尼焦头烂额，不过如今的形势已经大为改观。首先，东帝汶已经于2002年脱离印尼，实现了独立。其次，亚齐也已经偃旗息鼓，不再要求独立。其实在历史上，亚齐的独立运动，比东帝汶闹得更久，声势也更大，但最终东帝汶脱离了印尼，亚齐却决定不再独立，这是怎么回事呢？
具体有三方面的原因，第一，历史原因。亚齐早在16世纪已经建成了独立的亚齐政权，依托靠近马六甲海峡的优势位置，亚齐人曾一度控制了东西方的香料贸易，成为东南亚地区不可小视的区域强国。但随着西方殖民者的入侵，亚齐先是被葡萄牙击败，丧失了大片土地，又因内乱频发，国力大减，最终于1913年被荷兰人彻底灭亡，并入了荷属东印度。
1945年，印尼独立后，亚齐被划归印尼的北苏门答腊省管辖。可见，亚齐和印尼绝大多数土地类似，在印尼独立时，已属于印尼国土。而东帝汶原本为葡萄牙殖民地，于1976年被印尼吞并，沦为其第27个省，属于印尼独立后，侵吞的国土，原本和印尼没有任何联系。所以相比亚齐，东帝汶和印尼的联系更小一点。
第二，现实原因。两个地区的价值不同，东帝汶位于印尼东南部，努沙登加拉群岛东端，与印尼的西帝汶相接，面积14919平方公里，人口129万，而且经济基础薄弱，独立至今仍是世界上最不发达的地区。反观亚齐，位于印尼西部，苏门答腊岛最北端，西为印度洋，东隔马六甲海峡与马来半岛相望，面积近6万平方公里，人口530万。而且富含石油天然气等自然资源，是印尼资源最富庶的省份之一，也是印尼的主要财源。所以，两者相比，印尼更重视亚齐，亚齐脱离印尼的难度无疑也就更大。
第三，自然原因。亚齐的独立运动，始于1945年印尼独立，断断续续历时几十年，并不断与印尼政府军发生武装冲突。印尼历届政府也都坚决反对亚齐独立，并对其武装进行了多次军事打击。其中最后一次军事打击发生在2003年，而到了2005年，亚齐便放弃了独立要求。那么在这期间，到底发生了什么？
2004年12月26日，印度洋安达曼海发生了一场大地震，强度在里氏8.5级以上，震中位于印尼苏门答腊以北的海底，也就是亚齐西北部。强烈的地震引发了印度洋大海啸，导致东南亚多个国家受灾严重，但损失最大的国家，还是印尼。据统计这场海啸，共造成印尼23万多人遇难，40多万人沦为难民，主要来自亚齐和北苏门答腊省西岸地区。
灾害发生后，亚齐各地一片狼藉，亚齐人几乎陷入绝望，自身根本无力救灾，好在这时，印尼政府抛弃多次冲突的嫌隙，一面拨款，一面展开救援行动，解决了受灾严重的亚齐地区的食品、医药和受难者安葬等紧急事务。这场自然灾害过后，亚齐人终于意识到，人们的安居乐业，必须要以强大的国家为后盾。于是在第二年，亚齐最终签署了和平协议，同意解除武装，并不在要求独立。