“文化大革命”初期派工作组到一些单位领导运动，是毛泽东在《炮打司令部——我的一张大字报》中指责刘少奇的主要内容，认为这是镇压群众，破坏“文化大革命”。工作组事件成为刘少奇下台的直接导火线。
由于当时中央的日常工作会议一般不作记录，因而关于派工作组的决策情况没有留下具体记载。根据现在能够查到的材料，说明派出工作组的大致经过如下：
1966年5月29日，中共中央政治局主持日常工作的三位常委刘少奇、周恩来、邓小平及有关领导同志开碰头会研究，决定由“中央文革小组”组长陈伯达率工作组去人民日报社，由中共河北省委书记处书记张承先率工作组去北京大学。据参加这次会议的刘志坚（当时任总政治部副主任）回忆，在几个中央领导同志商定之后，周恩来还当场到隔壁房间用电话向正在杭州的毛泽东请示，获得同意。
5月30日，刘少奇、周恩来、邓小平联名致信毛泽东，书面请示派工作组去人民日报社一事：“拟组织临时工作组，在陈伯达同志直接领导下，到报馆掌握报纸每天的版面，同时指导新华社和广播电台的对外新闻。”这封请示信是刘少奇起草的。毛泽东在请示信上批示：“同意这样做。”陈伯达等于当日进驻人民日报社。
6月1日，以张承先为组长的工作组，于晚10点多钟进驻北京大学，并明确宣布工作组代行党委职权。这一消息于6月3日由新华社向全国广播。电讯稿是周恩来起草的。工作组原来是以华北局名义派的，电讯稿中改称“中共新改组的北京市委决定”。毛泽东看了这条新华社电讯稿并表示同意。
6月3日，刘少奇主持中央政治局常委扩大会，汇报和讨论北京地区“文化大革命”情况。北京新市委第一书记李雪峰提出运动中要注意“内外有别”等八条意见，并提议：“有的学校领导瘫痪了，领导不起来，就派工作组进去领导。团中央、组织部组织人力帮助。”会议同意了李雪峰的意见。6月3日、4日，北京新市委开始向一些学校派出工作组。
自从北京大学进驻工作组的消息在报上公布后，北京许多学校的师生成群结队涌到中共中央、国务院、北京市委所在地，要求派工作组。各学校的领导这时事实上已陷于瘫痪，无法行使领导职能。由于无政府状态急剧蔓延，混乱局面日趋严重，从6月5日起，北京市委加快了派工作组的步伐。
6月6日，中共中央书记处开会，决定向中央宣传部派出工作组。
从6月5日至6月中旬，北京地区的绝大多数大专院校和部分中学先后进驻了工作组。工作组一般以北京新市委的名义派出。大学工作组的成员从中共中央、国务院有关部委抽调，中学工作组的成员由团中央抽调。全国大部分省市和一些中共中央直属机关、中央国家机关部委，也纷纷仿效北京地区的做法，陆续向本地区、本系统的一些“问题”比较多的单位派出了工作组。在此期间，鉴于文艺战线“问题严重”，新上任的文化部副部长肖望东（原南京军区第二政委），主持向国务院文化系统派出了许多由军队干部组成的工作组。其中从总政治部抽调300多位军队干部参加工作组，是经林彪同意的。
这期间毛泽东虽然仍在外地，但中央经常向他汇报工作，并不断有各种材料报送给他，派工作组的情况他是知道的。在北京的“中央文革小组”更是对派出工作组的情况一清二楚。当时，谁都没有指出派工作组有什么不对。
研究有关派工作组的文献资料，可以肯定以下几点：
（1）“文化大革命”中最早派出的两个工作组，即驻人民日报社、北京大学工作组，是刘少奇、周恩来、邓小平三位政治局常委和有关领导同志研究决定，并报毛泽东同意的。
（2）向北京地区的大中学校派工作组，是北京新市委提议，经刘少奇主持的中央政治局常委扩大会同意的。
（3）刘少奇没有在他主持的会议上作出过在全国普遍派工作组的决定，也没有就这个问题下达过文件。全国其他地方派工作组，是学习北京地区做法的结果。
工作组进校后，受到了大多数师生员工的欢迎，但也遭到少数造反派的反对。由于“文化大革命”本身的不合理性和中央领导层对待运动的认识不一致，注定了工作组必然要犯错误。加上江青、康生、陈伯达一伙居心叵测，从中捣鬼，导致群众在工作组问题上分成了两派。一些学校发生赶工作组现象，使本已混乱的局面呈现更加错综复杂之势。
刘少奇、周恩来、邓小平等于6月9日去杭州向毛泽东汇报运动情况，并在毛泽东主持下讨论了“文化大革命”问题。讨论中没有专门议论派不派工作组的问题，更没有形成明确的意见。只是毛泽东在议论时说：“派工作组太快了并不好，没有准备。不如让它乱一下，混战一场，情况清楚了再派。”但这时工作组基本上已经派出。
毛泽东这样讲了之后，刘少奇是努力紧跟的。6月14日，刘少奇在北京主持中央政治局常委扩大会讨论运动情况。他在会上讲到：“（中学）工作组是团中央去的，有的是好的，能与学生三同，同吃同住同工作。不好的应该撤回。”他甚至说：“工作组派下去被人赶回，证明它不行么！乱就好么！”
刘少奇对他认为比较好的工作组，也就是能够有效地对运动实施领导的工作组，是坚决支持的。在他看来，这么大的群众运动没有党的领导是不可想象的，既然那些学校的领导瘫痪了，那就只有派工作组去接替，以维持正常的秩序。
6月18日，北京大学发生一起乱打乱斗事件。上午9时至11时，北京大学几个系的一些学生，将40多位干部、教师拉出来批斗，并采取了脸上抹黑、戴高帽子、罚跪等行动。工作组发觉后迅速予以制止，扭转了局势。刘少奇对驻北大工作组的做法表示满意。6月20日，他将驻北大工作组关于反映这次事件处理情况的《北京大学文化革命简报（第九号）》转发全国。刘少奇在为中共中央起草的批语中说：“中央认为北大工作组处理乱斗现象的办法，是正确的，及时的。各单位如果发生这种现象，都可参照北大的办法处理。”
为便于及时了解情况，掌握局面，6月19日刘少奇要夫人王光美去清华大学，作为驻清华大学工作组的顾问，帮助指导运动。6月20日和7月11日，他两次召集驻北京师范大学附中的工作组汇报座谈，同他们一起分析运动中出现的各种情况，解决问题。
6月21日，刘少奇在他主持的政治局常委扩大会上提出：“这一场斗争咱们都没有经验，工作组也没有经验。”“有的学校赶工作组，向工作组夺权，要夺档案、枪支、广播这些权。不准随便提出夺权。”“夺权斗争，有的是坏人要我们撤走工作组。不好的工作组也可以撤走，但是不要党的领导、中断党的领导是不好的。”
6月30日，刘少奇、邓小平致信毛泽东，要求发出《关于工业交通企业和基本建设单位如何开展文化大革命运动的通知》。《通知》强调这些单位的运动要由工作队领导：正在进行“四清”的单位，要在工作队领导下，把文化大革命插进去进行；还没有进行“四清”的单位，由上级派出工作队领导进行；已经结束“四清”而又没有达到标准，要重新派工作队去，从文化大革命入手，把“四清”和文化大革命搞彻底。这一通知于7月2日经毛泽东批准后下发。
大约在6月20日以后，刘少奇、邓小平等中央领导同志同“中央文革小组”之间在工作组问题上的分歧明显加剧，社会上赶工作组的现象也增多了。
6月20日，“中央文革小组”向中央提出了一个书面建议，其中说：“建议全国大中学校、机关单位在适当时候成立文化革命小组，领导文化革命运动。”“在最必要的地方，最必要的时候，可以由上级派工作组。”这一建议曲折间接地表达了他们取消工作组的意见。
7月13日、19日、22日，陈伯达在参加政治局常委召集的汇报会上，三次对工作组的问题提出非议。但据现在发现的资料，陈伯达在发表意见时，态度不大鲜明。例如他在7月19日的会上只是说：“工作组不会比学生高明，工作组都自称是党中央、毛主席派去的，有的整学生。”
在这几次会上，刘少奇、邓小平也对工作组有所批评，但不同意马上就撤出工作组。在7月13日的会上，刘少奇说：“现在的工作队要进行教育，他们不懂政策，不学政策。不好的工作队要进行整顿清理。”邓小平说：“要先把学生组织起来，清理当权派，然后再撤销工作组、工作队。”在7月19日的会上，刘少奇说：“工作组有好的，有坏的，他们在第一线，有他的辛苦，要求不能过高。现在是如何帮助他们，教育他们，总结工作经验。”邓小平说：“有的机关和学校，不派工作组可以，有的要夺权的，就要派工作组。工作组主要是起行政和党委的领导作用，因此是否统盘考虑，对工作组要正确估计。我们对这样的运动没有经验，他们也没有经验。坏的工作组可以先撤，好的工作组可以留，代替党委工作。”在7月22日的会上，刘少奇说：“工作组领导不好，但是多数工作组是好的，还是教育帮助，改正错误。赶工作组，有的不应该赶。”邓小平说：“要教会工作队做工作。……有的学校没有工作队恐怕不行。”
参加这几次会议的大多数同志都不同意撤工作组，陈伯达的意见被否决。后来江青在中共八届十一中全会的一次小组发言中讲到：“22号晚上，胡克实同志汇报说已经走上正规了。这次汇报会雪峰同志参加了，我们的组长、顾问没有发言权，讲一句话就被打断。这次汇报会共用了五个多小时，薄一波、陶鲁笳却讲了三个多小时。”江青所说的：“我们的组长、顾问”即指陈伯达、康生。她的说法从反面印证了当时中央大多数领导同志对“中央文革小组”意见的批评和抵制。
对陈伯达关于工作组的意见被否决的情况，刘少奇8月1日在中共八届十一中全会上从自我批评的角度，作了这样的解释：“陈伯达同志早就提了不派工作组或者撤出工作组，提了三次。……第一次提出来没有多讨论。第二次陈伯达书面提出两条，讨论时多数同志还是要工作组，我也发言要工作组，认为工作组有方便之处，要去就去，要撤就撤。当时我曾考虑，这样大的运动，北京各院校部分组织已经瘫痪了，怕中断了党的领导不好。第三次，伯达同志又提出这个问题，又讨论了一次，多数同志还是不主张撤。我仍是以前的观点，我认为这一方法较机动，没有下决心撤，要看一看。同时，主席快回来了，回来再请示决定。主席回来的第二天，又开了个会，感到是个问题。”
7月18日，毛泽东从武汉回到北京。情况随即发生变化。有些文章曾说毛泽东回京后只偏听江青等人的汇报，导致作出撤销工作组的决定。事实上毛泽东既听了陈伯达、康生等人的汇报，也听取了刘少奇等常委同志的汇报。而江青是7月20日才从上海回北京，当然她回京后也向毛泽东陈述了她的意见。
毛泽东在听取汇报和看了“文革小组”提供的一些材料后，对运动的进展情况表示不满，认为北京的文化大革命搞得冷冷清清，学生运动受到镇压，但最初还没有提出撤工作组。直到7月23日，中共中央批转总政治部《关于抽调军队干部支援地方文化大革命的请示》，其中还提出：“采取抽调干部参加地方四清的办法组织工作队，支援地方文化大革命。”毛泽东对此仍表示同意。
7月24日、25日，毛泽东先后找一些人谈话，再次对前一段的运动提出批评，明确提出要撤销工作组。参加24日谈话的主要是“中央文革小组”成员，25日谈话时又增加了来北京出席中共八届十一中全会预备会议的各中央局书记。毛泽东在听取了江青等人的汇报后说：“把工作组一撤，把黑帮停职反省就完了。这样可以搞得快一点。有这么一段，运动冷冷清清，就是6月20号左右以后，有许多地方搞得冷冷清清。根本撤出来，另外派几个人去当观察员。张承先这些人能不能搞好？能搞好就搞，不能搞就撤出来。”“现在不只是一个北大的问题，而是一个全国的问题。如果照原来那样搞下去，是搞不出什么名堂来的。”“工作组一不会斗，二不会改，只会起阻碍运动的作用。”“许多工作组（当然不是一切工作组），包括张承先的工作组，都是阻碍运动的，都要把它撤出来。”
7月26日，召开政治局常委扩大会议，由新近从中南局调到中央任书记处常务书记的陶铸传达了毛泽东两次谈话的内容。刘少奇、邓小平等放弃了原来的意见。会议最后决定撤销工作组。第二天，“中央文革小组”起草了撤销工作组的决定，毛泽东亲自作了修改。7月28日，由中共北京市委正式发出《关于撤销各大专院校工作组的决定》，文件中注明，这一决定“也适用于中等学校”。
7月29日，北京市在人民大会堂召开有一万人参加的全市大专院校和中等学校师生文化革命积极分子大会。李雪峰在会上宣读了北京市委的决定。刘少奇、周恩来、邓小平出席大会并讲话。他们在讲话中都说明派工作组是中共中央决定的，代表中央承担了责任。刘少奇说：“派工作组是中央决定、中央同意的。现在发现，工作组这个方式不适合于当前无产阶级文化大革命运动的需要，中央决定撤退工作组。”“工作队员过去这一段时间的工作是在你们学校里面作的，他们犯了错误或者作了好事，是在你们学校里面作的，成千上万的人看到了，你们都清楚。当然，各学校工作组的工作，不会是一样的，或不完全一样的，正如邓小平同志刚才说的，工作组有好的，比较好的，或犯有严重错误的。”
7月29日大会之后，北京和全国各地都相继撤销了工作组。刘少奇、邓小平多次在各种场合承担了派工作组的主要责任。由于各学校的党委早已瘫痪，工作组撤走后，原先设想的“文化革命委员会”之类的机构也因为群众分裂成两派而成立不起来，造反派因此更加肆无忌惮。学校处于无政府状态，并迅速蔓延到全社会，局势急剧恶化。
工作组撤走了，工作组问题却还没有完。稍后，毛泽东对工作组提出更为严厉的批评，认为工作组犯了方向、路线错误。8月1日，他在中共八届十一中全会上插话说：“工作组不管怎么样是做了坏事，一不能斗，二不能批，三不能改，……起一个镇压群众、阻碍群众的作用，起了个坏作用。一般说，就是百分之九十以上的工作组干尽了坏事。”江青、陈伯达、康生等在这一期间连续到各学校煽风点火，鼓动造工作组的反。很多工作组成员遭揪斗。以后，工作组又被作为资产阶级反动路线的具体体现和刘少奇的一大罪状，受到了长时间的批判。
综上所述，我们可以得出如下结论：
（1）派工作组在当时形势下是正确的。“文化大革命”是在一哄而起的情况下开始的。在所谓“斗黑帮”的行动口号之下，大学、中学的领导干部立即成为冲击、批斗的对象，学校党组织和行政领导相继陷于瘫痪。乱斗乱揪的现象普遍发生，校园秩序一片混乱，局势面临失控。在这种情况下，用工作组去接替这时已经失灵了的原有的领导系统，是唯一可以采取的措施。后来工作组撤销之后，果然很快出现打倒一切、天下大乱的局面，这也从反面证明了当时派工作组的正确性。
（2）派工作组在组织手续上是完全符合党的集体领导制度的。“文化大革命”初期，毛泽东不在北京，刘少奇受毛泽东委托主持中央日常工作。派工作组的决定是在刘少奇主持的中央政治局常委扩大会上讨论决定的，是中央集体领导作出的决定。按党的民主集中制组织原则和惯例，中央的日常工作不一定事事都要经毛泽东批准。何况，向北京大学、人民日报社派工作组是报告毛泽东同意的。向其他大中学校派工作组，虽未见到毛泽东的直接批示，但有材料表明毛泽东也是知道的，不存在所谓“背着毛主席擅自决定”的问题。
（3）派工作组在方式上是沿用了党的传统经验。在党的历史上，曾多次采用派出工作队的方法发动群众，开展革命运动。从1963年开始的社会主义教育运动，就普遍采用了派工作队的做法。“文化大革命”开始时，全国许多地方的社会主义教育运动还正在进行，“文化大革命”工作组也就沿用了这种做法。后来在1968年夏，为了控制日益恶化的内乱局面，中共中央根据毛泽东的指示，向全国大中学校派驻由工人、解放军官兵组成的“毛泽东思想宣传队”。这时的“工宣队”“军宣队”，实际上就是换了名称的工作组。所以，“文化大革命”初期在刘少奇、邓小平主持下采取派工作组的方式稳定局势、领导运动，是很自然很正常的事情。